在马库斯的破坏下阿克雷研究所，干部养成所，地下研究所等地相继发生病毒泄漏事故，工作人员和实验生物相继被感染。阿克雷研究所新主任约翰（John）死亡。
5月14日
浣熊市废弃物处理工厂系统完成。该系统利用特殊瓦斯，化学溶剂与焚化炉来分解各种生化兵器的细胞并销毁处理。
5月20日
阿克雷山区发生第一例生化怪物攻击人类事件。
数天后
浣熊市郊的阿克雷山区附近，连续发生离奇的杀人事件，不少民众在山区附近受到不知名生物的袭击，因而丧失性命。期间相继传出目击犬型怪物的事件。
5月21日
Umbrella研究员发表最新医学论文，提及在阿克雷山区发现的三种同种异形草药，分别命名为“绿色草药，红色草药，蓝色草药”。
5月27日
浣熊时报对于年轻女性被猛兽攻击致死之事件以头条加以报导。
6月初
位于浣熊市公园内的秘密实验体销毁场因为研究所运来的尸体数急剧增长，而无法以正常方式处理尸体。
6月16日
大规模的生
化怪物出没于山区。
6月30日
瑞贝卡查姆博斯（Rebecca Chambers）以实地医护人员的身份加入S.T.A.R.S.的布拉瓦小队。
7月9日
警方封锁部分森林，并考虑派遣特别对策部队S.T.A.R.S.进入山区。
7月中旬
实验体销毁工厂已无法处理数量巨大的尸体，工人们因此被迫暴露在病毒之下工作，部分员工开始呈现被感染症状。
同时，安布雷拉公共卫生部常务理事接到总部特别委员会的灾害传真，委员会认为浣熊地区病毒泄露事故可能已经无法控制，该委员会决定严守秘密实验，并防止S.T.A.R.S. 布拉瓦小组和州警介入。
7月22日
某特种部队少尉比利科恩（Billy Coen）因被指控在一次非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由阿克雷山区押送至lexson基地执行。
数小时后，押送车辆在阿克雷山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明。
为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。
同时为了进行b.o.w的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯卡的安排，引诱S.T.A.R.S.部队进入灾害地区。
7月23日
马库斯博士的复仇计划开始。
23日20点
他指挥水蛭袭击了安布雷拉途经阿克雷山区的列车。
23日22点
浣熊市警局特殊部队S.T.A.R.S.的布拉瓦小队，乘坐直升机出动前往阿克雷山区进行调查。
7月24日
S.T.A.R.S.的布拉瓦小队失去联络已达24小时，威斯克以支援布拉瓦小队为由，率领阿尔法小队进入阿克雷山区计划通过阿尔法小队的实战收集各种b.o.w数据。
9月29日
以优异成绩毕业的警官里昂和为了寻找哥哥的下落的克里斯的妹妹克莱尔来到浣熊市。
吉尔此时正被追踪者（暴君-203型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉公司的生化危机特别应变部队的卡洛斯（carlos oliveira）以及其队长。
幸存人员还有米克鲁（Michael Victor）45岁，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队队长。
他过去曾任KGB（克格勃，全称为“USSR国家安全委员会”，类似美国的CIA ）组织的领导人。
尼古拉（Nicholai Ginovaef）35岁，U.B.C.S.士兵，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队b分队的佣兵。
10月初
被污染地区包围而四面楚歌的浣熊市已无任何挽救的希望，病毒借助下水管道感染了其中的生物并借此进入城市。
灾变很快以污染源所在的城区为中心向全城蔓延。市内紧急部署的军力在很短的时间内就逐渐瓦解。
浣熊市渐渐沦为一座被病毒完全侵蚀的人间地狱。美国军方很快封锁了该片区域并投入大规模的军队控制事态进一步恶化。
几天后进入浣熊市的美军在与生化怪物的战斗中遭受严重损失，最后在实验体销毁工厂消灭五只暴君之后匆忙撤退，国家高层紧急通过了“灭菌”作战方案。
数小时后，军方投放了一枚核弹，浣熊市于凌晨从地球上彻底抹去，超过10万人在此次灾变中死亡。史称浣熊市生化危机事件。
原先已确认死亡的艾达，在投靠至H.C.F.的前任S.T.A.R.S.
队长威斯克的救助下幸存。
威斯克从威廉身上得到“G病毒”，艾达在暗中给予里昂和克莱尔协助之后，与威斯克一起逃出浣熊市。
整个事件公开后（2004），美国政府颁布了一条法令，无限期禁止安布雷拉的一切商业活动，导致安布雷拉最终破产。
10月中旬
美国中央情报局和里昂取得连系，以雪莉与里昂的性命作要胁，迫使里昂接受了情报局所交付的秘密任务。
里昂暂时待在cia工作并进行调查，但是cia是否有其它目的并不明朗。此后不久里昂参加了特种部队的训练。
11月22日
宾赛德将“T病毒”散播到席那岛的街道上，并且伪装成发生意外事故。
12月12日
为了寻找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克莱尔遭到逮捕并送往位于南太平洋的洛克福特岛(Rockfort)军事训练所监禁。
12月27日
谜之组织H.C.F得知阿莱克茜亚亚希福特和维罗尼卡病毒出现在洛克福德岛，命令阿尔伯特威斯克率领特殊部队前往夺取。
威斯克在轰炸过程中造成病毒泄漏。克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人斯蒂夫（Steve）相遇。
阿尔弗雷德亚希福特与其发生激战并激活了洛克福德岛的自毁系统。克莱尔和斯蒂夫搭乘飞机逃离里洛克福德岛，然而阿尔弗雷德操纵飞机飞往南极基地。
两人在南极基地射伤了阿尔弗雷德，垂死之际，阿尔弗雷德唤醒了沉睡的阿莱克茜亚后死亡。
克里斯收到里昂的信息后为救克莱尔也前往洛克福德岛，却遇到了本以为早已死亡的威斯克。
威斯克找到阿莱克茜亚并向她讨要维罗尼卡病毒。阿莱克茜亚和威斯克一交手便打跑了威斯克。
克里斯和克莱尔即将逃离
克则在此之前回收了斯蒂夫身上感染的维罗尼卡病毒。
（于2012年发行的TPS游戏《生化危机：浣熊市行动》揭示了一系列浣熊市背后的剧情，不过和正统剧情有一定冲突，可视为平行世界剧情参考。）
在1998年浣熊市生化危机爆发后，实际上有两支部队被派去击败守在浣熊市底下研究所的雇佣兵，并回收威廉博士持有的G病毒，分别是由汉克带领的U.S.S（安布雷拉秘密工作部队）Alpha小队和“狼母LUPO”带领的Bravo小队。
在G病毒回收期间Alpha小队除队长汉克外全数阵亡，并导致威廉博士变异与病毒散入浣熊市下水道（生化危机2），而Bravo小队则在逃脱变异威廉博士的追杀后来到浣熊市市区，并且接到新任务杀掉里昂.S.肯尼迪。
期间遇到以Echo Six为首的美军特种部队，并在市政府，警察局等地与其激战（一定程度上接上了生化危机3和爆发的剧情），在与“复仇女神”等变异体激战后，USS部队得知里昂躲了起来，并被美军保护着。
而且得知浣熊市即将被摧毁，USS小队要想撤退就必须杀掉里昂，于是USS部队内部起了矛盾，一方主张放走里昂，一方主张杀掉（由玩家选择），之后的剧情由玩家脑补。
之后添加了美军特种部队Echo six的剧情，是与USS部队反向的，回声小队的任务是找到藏于地下的安布雷拉设施，摧毁它，并且调查病毒事件的真相。
不过期间遇到吉尔，而最后的决战则是无选择的与威廉博士对弈，里昂与克莱尔乘坐美军的直升机逃脱。
2002年
和里昂一起接受特工训练的战友杰克克劳撒（JackKrauser）在一次直升机事故中遇害身亡。
实际上他借此机会投靠了阿尔伯特威斯克。此时，世界三大巨头的公司合并，由迷之组织引导，成为三联公司。
它涉及到生物医药、矿产开发、工业兵器生产三个领域。阿尔伯特威斯克加入三联公司。
PS：暂时到生化4 Las Plagas寄生虫事件之前
第零卷：设定、背景类文档 : 09.拥有药效的植物第三版
人类自古以来便利用各种植物来治疗创伤和疾病。
本书为介绍此类具有药效的植物，将以生长在阿克雷山区的野生药草为案例，并叙述其概要。
这种鲜绿色的草药不仅能够消除疲劳，还具有提高自愈能力、使伤口加速
愈合的效果。
此外，也有出镜免疫力活化，用在防止病毒感染的供销商十分显著。
医疗方面的应用亦十分广泛，并开始运用急救医疗场合。面对近年来越发猖獗的生化恐怖威胁，为了保护您和您的家人，建议不妨考虑常备这几类药草，或相应的提取产品。
欢迎致电……
出自《生化危机：启示录1》
第零卷：设定、背景类文档 : 10.心狠手辣的老男人摩根兰斯戴尔
厚实的档案袋里，可以让人阅读的内容并不多。
即便如此，那也是非常宝贵的资料。至少能让人从问自己路上来了解这个一度搅动国际风云的人物。
抽出其中一份文件，翻开来看，大段大段的涂黑内容就足以证明该项行动的危险性。
他拥有顶级的聪明才智和超凡的魅力，兵役坚强的意志和领导能力而在情报系统内文明。
细致，对很小的潜在问题、威胁都会感到担忧，所以这也是他将手头的事项推进微小细节的原因。
正是因为这份细心，才让他屡次从危险中脱身，最后得到“银狐”的尊称。
2001年，摩根用一波舆论呼吁国会采取更强有力的措施，以应对因安布雷拉倒闭后生物武器向黑市泄漏而造成的生物恐怖（）主义风险的增加。他要求成立专门机构负责应对。
根据他的要求，国会通过了《国家生物防御法》，并成立了FBC。
摩根被国家安全委员会（National Security Council）选举为FBC领袖兼国家生物预防主任。
摩根牢牢扎根于这些职位，成为了国际公
共卫生和生物防御领域的主要参与者。
2004年，三联公司要求他向破产安布雷拉的子公司扣押的三艘女王号游轮提供给研究“深渊病毒的研究小组。
但是，摩根却与三联公司的动机背道而驰，他计划利用T-深渊病毒搞一次大事，从而充分展现出生物恐怖（）主义对世界的威胁，扩大了FBC的管辖范围，并为研究团队提供足够的数据来开发疫苗。